La microscopía especular nos permite realizar el estudio del endotelio corneal. Puesto que la distribución celular es prácticamente uniforme, mediante la microscopía se puede conocer el número, la forma y el tamaño de la población endotelial.

La microscopía especular nos da una imagen refleja de la interfase óptica que hay entre el endotelio corneal y el humor acuoso, aunque también puede usarse para obtener imágenes del epitelio y del estroma corneal, así como del cristalino.